病菌随病株残余组织遗留在田间越冬。病菌在病残体内可以存活6年之久;在环境条件适宜时,病菌主要借雨水反溅,也可通过昆虫、农事操作等传播,从根或茎部的伤口侵入,经潜育后在植株内繁殖,并向上部蔓延扩展,破坏细胞组织,进行侵染蔓延
在中国上海及长江中下游地区,辣椒青枯病的主要发病盛期在5-10月。年度间夏季高温、闷热、高湿有利于发病;大雨或连阴雨后骤然放晴,气温迅速升高,田间湿度大,有利于病害流行;田块间连作田、低洼田、雨后积水、偏酸土壤的田块发病重;栽培上种植密度过高,偏施氮肥易发病
在育苗阶段,病土作床、病肥作酿热物等都可导致秧苗罹病。由于种薯和秧苗商品化日盛,病种薯和带病秧苗又是远距离传播的主要媒介。病土垫圈、病残体及洗泡甘薯干的污水进入粪肥和有机肥,就可以使这些肥料成为重要的初侵染来源。在一个地区,少数田块发病后常见迅速扩大到其它地块,这与肥料带菌的传播作用关系很大。 [4] 大量试验证明,病区甘薯干是带菌的。由于甘薯块根可受侵染,切成片晒干的薯片也就自然是带菌的,南京92品种根系感病指数为10,亩产鲜薯1700千克;一窝红根系感病指数为7.5,亩产鲜薯1932.5千克;而胜利百号根系感病指数为76.3,亩产鲜薯仅146.25千克。同在重病地,因品种抗病性不同,产量相差10.6-12.5倍。 [2] 连作与发病的关系:轮作病轻,连作病重,连作年限越长,土壤中的病残体税累越多,土壤带菌量也越高,发病也越重。