水源染是“两虫”疾病大的源，后的救治成本远高于提前预防成本，已成为各国需要防控的公共卫生疾病。我国于2006年颁布的《生活饮用水卫生标准》在微生物学指标中增加了“两虫”的检验，对饮用水“两虫”指标进行监测的重要性可见一斑。“两虫”严重威胁着人们的饮用水，水质监测单位面临着严格的考验。
水体中“两虫”的检测方法多为磁分离法和荧光法。磁分离操作过程繁锁、要求手工操作且操作者需十分细心，仪器使用成本高、维护困难，检测难度较大，一定程度上限制了该检测法的实用性及普及性。荧光法借助的荧光显微镜来区分杂质和两虫。
贾第鞭毛虫通常会导致慢性虚弱的腹泻，体重减轻和吸收不良。饮用被污染的水可能会导致贾第鞭毛虫病。传播也通过直接接触而发生，尤其是与无症状的携带者接触以及食物污染。
隐孢子虫在世界. 上大多数地区,它与腹泻病有关，是旅行者腹泻的常见原因。该疾病是由厚壁卵囊传播的，该卵囊对普通消毒剂和饮用水的常规氯化反应具有显着抵抗力。
贾第鞭毛虫和隐孢子虫是两种严重危害水质安全的、寄生于人和动物体内的原生虫，主要通过饮用水和食品等途径传播疾病。
贾第鞭毛虫的致病性小，它引起的疾病被人们广泛接受。但隐孢子虫卵囊体积更小，抗性更强，其造成的危害可能更大于贾第鞭毛虫。有症状的分为急性的、亚急性和或慢性的，通常报道的症状包括腹泻、胃气涨、腹涨、疲劳、食欲不振、恶心、体重减轻、呕吐。在此期间甚至去除后乳糖不耐症都会持续。