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于1919年，欧文·朗缪尔将路易士的立方原子模型cubical atom。加以发挥，建议所有电子都分布于一层层同心的（接近同心的）、等厚度的球形壳。他又将这些球形壳分为几个部分，每一个部分都含有一对电子。使用这模型，他能够解释周期表内每一个元素的周期性化学性质。
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于1924年，奥地利物理学家沃尔夫冈·泡利用一组参数来解释原子的壳层结构。这一组的四个参数，决定了电子的态。每一个态只能容许一个电子占有。（这禁止多于一个电子占有同样的态的规则，称为泡利不相容原理）。这一组参数的个参数分别为主数、角数和磁数。
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即可得到分辨率为原子尺寸的样本影像。使用蓝色光，普通的光学显微镜的分辨率，因受到衍射限制，大约为200nm；相互比较，电子显微镜的分辨率，则是受到电子的德布罗意波长限制，对于能量为100keV的电子，分辨率大约为0.0037nm。
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就好像在显示机内的光栅扫描。这两种电子显微镜的放大率可从100倍到1 000 000倍甚至更高。应用隧穿效应，扫描隧道显微镜将电子从尖锐的金属针尖隧穿至样品表面。为了要维持稳定的电流，针尖会随着样品表面的高低而移动，这样即可得到分辨率为原子尺寸的样本表面影像。
